Наиболее распространены кустарничково-лишайниковые горные тундры с преобладанием в травяно-кустарничковом ярусе голубики, брусники, водяники, а в мохово-лишайниковом - видов Cladina и Cetraria. Нередко встречаются также тундровые сообщества с преобладанием ситника трехраздельного. Флора горно-тундрового пояса сильно обеднена, но при этом включает ряд арктоальпийских видов, некоторые из которых не встречаются в более южных высокогорьях Южного Урала. Для подгольцового пояса характерны еловые чернично-лерхенфельдиевые редколесья, вполне сходные с подобными сообществами Среднего и Северного Урала. В горно-лесном поясе в составе лесов местами заметное участие принимают широколиственные породы (главным образом липа), а в верховьях рек Бол. Киалим и Сак-Елга встречаются единствеimые на восточном макросклоне Южного Урала участки широколиствеmю-темнохвойных лесов с липой, ильмом и кленом. В травяно-кустарничковом ярусе лесов распространен ряд видов неморального флористического комплекса.