В 1809 году Геблер приехал в Петербург, где весной выдержал экзамен при Медико-Хирургической Академии, и был утверждён в звании доктора медицины и хирургии. Ему был представлен свободный выбор места службы, он пожелал выехать в качестве врача на горные заводы кабинета Его Величества и в этом же 1809 году отправился на Алтай, в Барнаул. Предполагалось, что Геблер останется на службе 6 лет.
В феврале 1810 года Фридрих Август Геблер становится врачом Барнаульского центрального госпиталя, а в 1816 году срок контракта истёк, но врач решил остаться на Алтае. А в июле 1820 года Фридрих Август Геблер утверждён заведующим медицинской и фармацевтической частью горного округа.
Занимался исследованиями, в которых посетил Катунские и Чуйские белки, Курайский хребет, долину реки Чуи, Салаирский кряж, степи между Обью и Иртышом.
Результаты его исследований — богатый гербарий алтайской флоры, коллекции жуков, описание Алтайских гор, озёр, населения, разновидностей алтайской фауны. В те далекие годы только начиналось энтомологическое изучение Сибири, и Фридрих Август Геблер стал пионером энтомологии Алтая.
В 1836 году была опубликована его работа «Обозрение Катунских гор с их величайшей вершиной Белухой в русском Алтае». Впервые были исследованы и нанесены на карту знаменитые ледники Белухи, описаны горные породы, слагающие Катунский хребет, животный и растительный мир альпийской зоны, впервые были описаны истоки Катуни.
В 1823 году Геблер вместе с П. К. Фроловым основал Краеведческий музей в Барнауле. Геблер очень любил музеи и часто тратил своё скромное жалование на приобретение дорогостоящих экспонатов, которые часто выписывал из-за границы: броненосец, хамелеон, крокодил-аллигатор, сохранившиеся до нашего времени. Они теперь как старейшие показываются в Алтайском государственном краеведческом музее.