Губернатор Томской губернии в 1908—1911 гг., приамурский генерал-губернатор в 1911—1917 гг., начальник земельного отдела управления КВЖД с 1918 г. в Харбине.

В 1910 году назначен начальником Амурской экспедиции. Амурская экспедиция под руководством Гондатти стала последней научной акцией дореволюционной России, причём результаты получились весьма значительные.