Озеро Кизи делится на несколько частей: Айский залив, Нижнее Кизи, Верхнее Кизи. В озеро впадают реки Яй, Пей-Хой, Зеркальный, Долонцы, Кирпичный, Малая Чильба, Покусаев, Дульди, Большое Табо, Сиговая, Шитниковская, Санники, Перебоевка и др.

От Татарского пролива озеро отделяет полоса суши шириной 8,5 км

На берегах озера Кизи находятся населённые пункты Ульчского района: Кизи, Чильба, Тулинское, Большие Санники, Мариинский Рейд.